U primorskom mjestu poput Supetra žiteljstvo se od samoga nastanka naselja moralo usmjeriti i prema pomorstvu kao jednom od izvora privređivanja, što je na crkvenom polju imalo odraza u širenju štovanja sv. Nikole, ranokršćanskoga biskupa u Miri licijskoj i glavnoga pomoračkog zaštitnika.

God. 1637. spominje se novoosnovana bratovština sv. Nikole, a već u studenom 1645. nalazi Biskup zidove nove, nedavno utemeljene crkve ovoga sveca, koja još nije imala nadarja, gotovo dovršenima.

God. 1668. crkva je imala nešto malo vinograda koje su zasadili njeni čuvari, “Romitti”, a 1673. se također “gradila”, tj. po svoj prilici povećavala, kad se spominju i njezini dužnici. 1718. g. bila je crkva “vrlo dobro čuvana” slavila se misa na veće blagdane pa i češće kroz godinu, a potrebno se donosilo iz župne crkve.

Francuska vlast u Dalmaciji (1806.-1813.) ukinula je sve bratovštine osim jedine, glavne u svakoj župnoj crkvi, koja se obično nazivala Presv. Otajstva i djelovala kao prošireno crkovinarstvo; tako je bilo i u Supetru. Bratovština sv. Nikole uspjela je, međutim, preživjeti u obliku neformalne pobožne udruge: god. 1823. navodi se da ovu crkvu, “smještenu na rtu zvanom sv. Nikole, koja služi osobama u karanteni” uzdržava “skupina pobožnika”; na svečev blagdan dolazilo se ovamo u procesiji i slavila misa. Sačuvana je i računska knjiga ove udruge, vođena u 19. st., odakle se vidi da su joj članovi brinuli za crkvu, plaćali kapelanu mise za pokojne sučlanove te, po starom običaju koji je, na sreću, iščeznuo, pucali na svetkovine. Članovi se sastajahu oko glavnoga blagdana svake godine i birahu upravljače: suca, gaštalda i kapelana. God. 1821. zaključeno je da kapelan za loša vremena (zbog udaljenosti ove crkve od mjesta!) može misiti i u župnoj crkvi na “svečevu” oltaru (tj. na onom sv. Roka, gdje je i lik sv. Nikole); novi član, ako nije bio iz obitelji ranijega, trebao je plaćati dvostruku članarinu.

Udruga je dobivala i milostinju u novcu i vinu, a posebna pozornost bijaše posvećena zajedničkom “obidu”! Tako se spominje da je god. 1821. bilo makarona, suhog mesa, likera, rakije i voća; tada je ujedno odlučeno da u buduće svaki član mora donijeti za “obid” vlastite tanjure, pribor, ubrus, kruh i “bocun” vina, a da se obrok ima ograničiti na “manistru” začinjenu kobasicama, govedinu “lešo”, pečene tuke i dobar sir. Pet godina kasnije na jelovniku su: govedina, tripice, kobasice, slanina, tuke, riža, sir te kao začini cimet, klinčići i maslac.

God. 1876. nabavljena je iz Beča “slika”, tj. vjerojatno pala jedinog oltara ove crkve, koja je trenutno, dok se ne popravi, zajedno s gornjim drvenim dijelom istoga žrtvenika (18.-19. st.) pohranjena u Župnom muzeju. Supetarski Sv. “Mikula” predajno je usmjeren s ulazom na zapadu te ima lađu, svetište i plitak oltarni prostor, a uvrh pročelja malenu preslicu zvonika. Rustično je građen, pa se tek po rijetkim pojedinostima (npr. profilaciji luka svetišta ili polukružnim bočnim prozorima) razaznaje barokno vrijeme gradnje – u ovome slučaju 17. stoljeće. U proteklih stotinu godina crkva bijaše popravljana triput. Potkraj 2000. g. započe temeljita obnova ove crkve, dovršena na Sve svete 2001. godine, za koju je doprinijelo preko 600 supetarskih obitelji, a na njoj radilo više od 60 dobrovoljaca iz mjesta – zidara, tesara itd. Prigodom ove obnove pronađen je i manji kip sv. Roka, zasad još neobnovljen; zavjetne slike, među kojima i ona kapetana Caglevića iz 1932., rad slikara Dunaja (Dunava) Rendića, sina kipara Ivana, sada su u Župnom muzeju.